Μέσα στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων του ΣΕΣ εντάσσεται και η λειτουργία Επιτροπών που στοχεύει στον τεκμηριωμένο καθορισμό των θέσεων του ΣΕΣ και στην ενεργή συμμετοχή των μελών στις δράσεις του.

Οι Επιτροπές διακρίνονται σε δύο κατηγορίες. Στην πρώτη κατηγορία εντάσσονται οι Θεματικές Επιτροπές, οι οποίες εστιάζουν σε συγκεκριμένη ομάδα αντικειμένων που άπτονται της ενασχόλησης των μελών του ΣΕΣ. Στη δεύτερη κατηγορία εντάσσονται οι Επιτελικές Επιτροπές, οι οποίες και εστιάζουν στην άμεση υποβοήθηση των δράσεων του ΔΣ του ΣΕΣ:

Θεματικές Επιτροπές
		Θ1: Αστικής Κινητικότητας Θ1.1: Αστικές Συγκοινωνίες Θ1.2: Κυκλοφορία και Στάθμευση
		Θ2: Εμπορευματικών Μεταφορών και Υπεραστικών Συγκοινωνιών Θ2.1: Εμπορευματικών Μεταφορών Θ2.2: Υπεραστικές Συγκοινωνίες
		Θ3: Νέων τεχνολογιών και καινοτομίας
		Θ4: Οδικής Ασφάλειας και Οδηγικής Συμπεριφοράς
		Θ5: Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων και Ενέργειας
		Θ6: Σχεδιασμού και Διαχείρισης Υποδομών και Οδοστρωμάτων Θ6.1: Διαχείριση Υποδομών Θ6.2: Οδοστρώμάατα
		Θ7: Πλαισίου Λειτουργίας και Στρατηγικού Σχεδιασμού
Επιτελικές Επιτροπές
		Ε1 : Συμβουλευτική
		Ε2: Έρευνας
		Ε3: Επικοινωνίας, Διασύνδεσης και Τεκμηρίωσης
		Ε4: Μετακινήσεων στην Ελληνική Περιφέρεια

Κατά τη συνεδρίαση της 14/4/2010, το ΔΣ του ΣΕΣ ενέκρινε ομόφωνα τον «Αναθεωρημένο Κανονισμό Λειτουργίας Επιτροπών ΣΕΣ». Κύριος στόχος της Αναθεώρησης αποτελεί η τεκμηριωμένη και πολύπλευρη ανάπτυξη των θέσεων του ΣΕΣ μέσω συλλογικών λειτουργικών διαδικασιών για την αναβάθμιση της ποιότητας ζωής και την ανάδειξη του έργου του ΣΕΣ. Συγκεκριμένα, η αναθεωρημένη λειτουργία των Επιτροπών του ΣΕΣ στοχεύει:

1. στην τεκμηριωμένη ανάπτυξη θέσεων του ΣΕΣ,
2. στην πληρότητα των θέσεων αυτών με βάση τη συγκυρία και τις προοπτικές της ελληνικής πραγματικότητας, της ευρωπαϊκής πολιτικής, αλλά και τις διεθνείς τάσεις,
3. στην ενεργό συμμετοχή των μελών στις δράσεις του ΣΕΣ για συνδιαμόρφωση κοινών θέσεων με ταυτόχρονη διασφάλιση της πολυφωνίας,
4. στη διαδραστικότητα μεταξύ των Επιτροπών και στον καλύτερο συντονισμό,
5. στην ουσιαστική συμβολή του ΣΕΣ στην αναβάθμιση της ποιότητας της ζωής και στην προστασία του φυσικού και ανθρωπογενούς περιβάλλοντος.